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三、合同中对不同税率的服务内容应当分项核算
营改增之后，同一家企业可能提供多种税率的服务，甚至同一个合同中包含多种税率项目的情况也会经常发生。对兼营的不同业务，此时一定要在合同中明确不同税率项目的金额，明确地根据交易行为描述具体的服务内容，并进行分项的明细核算，以免带来税务风险。
四、发票提供、付款方式等条款的约定
1、因为增值税专用发票涉及到抵扣环节，开具不了增值税专用发票或者增值税发票不合规，都将给受票方造成法律风险和经济损失，应当考虑将取得增值税发票作为一项合同义务列入合同的相关条款，同时考虑将增值税发票的取得和开具与收付款义务相关联。一般纳税人企业在营改增后可考虑在合同中增加“取得合规的增值税专用发票后才支付款项”的付款方式条款，规避提前支付款项后发现发票认证不了、虚假发票等情况发生。
2、因虚开增值税专用发票的法律后果非常严重，最高会面临无期徒刑的刑罚，因此在合同条款中应特别加入虚开条款。约定如开票方开具的发票不规范、不合法或涉嫌虚开，开票方不仅要承担赔偿责任，而且必须明确不能免除其开具合法发票的义务。
3、另外，增值税发票有在180天内认证的要求，合同中应当约定一方向另一方开具增值税专用发票的，一方应派专人或使用挂号信件或特快专递等方式在发票开具后及时送达对方，如逾期送达导致对方损失的，可约定相应的违约赔偿责任。
4、在涉及到货物质量问题的退货行为时，如果退货行为涉及到开具红字增值税专用发票的行为，应当约定对方需要履行协助义务。（具体可以参考《国家税务总局关于全面推行增值税发票系统升级版有关问题的公告》(2015年第19号)（2015年4月1日施行）有“关红字专用发票的办理手续”等相关规定。）
五、三流不一致的风险如何规避？
1、为了防范虚开增值税发票，国税总局曾出台规范性文件要求“三流一致”。所谓“三流一致”，指资金流（银行的收付款凭证）、票流（发票的开票人和收票人）和物流（或劳务流）相互统一，即收款方、开票方和货物销售方或劳务提供方必须是同一个法律主体，而且付款方、货物采购方或劳务接收方必须是同一个法律主体，如果三流不一致，将不能对税款进行抵扣。
2、合同中应当约定由供应方提供其发出货物的出库凭证及相应的物流运输信息。如果货物由供应方指定的第三方发出，为了避免三流不一致、导致虚开发票的行为，需要明确供应方提供与第三方之间的采购合同等资料。
3、对于委托第三方支付和收款等三流不一致的情形，可以通过签订三方合同的方式减少风险，或者也可通过约定由第三方付款的方式来解决，但需要提供相应委托协议，以防止被认定为虚开增值税专用发票的行为。当然，在实际签订合同时仍需要根具体情况进行设定。
4、对于分批交货合同增值税专用发票的开具，为了做到三流一致，防止出现虚开增值税专用发票的情形，应当在合同中约定在收货当期开具该批次货物的增值税专用发票。（注：涉及到分期付款的，基于防范虚开增值税发票风险考虑，在需方实际收到供方的货物时，供方产生开具增值税专用发票的义务。如果货物不是分期交付，则分期付款行为并不会影响增值税专用发票的开具。）
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