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纳税检查调整风险主要是：
税务检查部门查实连锁经营企业进场商场（增值税专用发票票列购货方）的发货情况，将商场专柜库存货品数量，按当月或近期同类货品价格核定应税收入补征各税、加算滞纳金及处以行政处罚。
附：增值税专用发票开具时限的具体规定：
1.采用预收货款、托收承付、委托银行收款结算方式的，为货物发出的当天；
2.采用交款提货结算方式的，为收到货款的当天；
3.采用赊销、分期付款结算方式的，为合同约定的收款日期的当天；
4.将货物交付他人代销，为收到受托人送交的代销清单的当天；
5.设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，按规定应当征收增值税的，为货物移送的当天；
6.将货物作为投资提供给其他单位或个体经营者，为货物移送的当天。
7.将货物分配给股东，为货物移送的当天。
显然，在委托代销方式和分期付款这两种方式下，纳税人可以合法地推迟纳税人义务发生的时间。
托管经营经营特征：
1.连锁经营企业在统一进货、统一核算、统一企业形象的经营框架内将异地新设分销机构的日常管理职能有期限地委托给其他单位或个人行使；
2.此种方式多发生在连锁分锁网络超常规扩张阶段或原有家族式企业经营管理权发生“渐进式”分权分治的发展阶段。
涉税分析：
1.托管经营实质上是连锁经营企业总部对区域分销网络或个别分销机构管理控制权的调整与让渡，相关分销机构的税务法律地位并未因此改变。
2.托管经营方式下，同样可能发生托管层面的“设点直营”、“租柜经营”、“扣点结算”等复杂情形，从而适用相应的税务管理规范。在此不作赘述。
发包经营经营特征：
1.在基本保持连锁经营外部特征的前提下，连锁经营企业将特定分销机构转让给其他单位或个人承包、承租经营，放弃销售风险收益，获取稳定的发包、发租收益；
2.此种方式多发生在连锁经营市场趋于萎缩或连锁经营企业业务转型时期，主要作为一种市场“退出”的过渡安排被采用。
涉税分析：
发包经营方式对连锁经营企业原有的税收法律关系变动很大，需要结合承包、承租具体形式及经营成果分配方式加以识别和判定：
（一）连锁经营企业暨发包、发租方的税收法律关系
1.发包、发租方所获发包、发租收益，属企业所得税应税收入，应与发包、发租分销机构的其他应税收入、成本、费用或损失一并核算，单独或汇总缴纳企业所得税。
2.发包、发租方向承租、承包方移交、转让各类资产，涉及应税行为（如让售增值税应税货物、外分不动产、土地使用权、商标使用权等）的，应履行相应的纳税义务并遵循发票管理规范。
3.发包、发租方开展新的经营活动，发生相关纳税义务，应履行相应的纳税义务和接受相应的税务管理。
（二）承包、承租经营活动中承包、承租主体税收法律关系分析
1.承包、承租经营单位是增值税、营业税、企业所得税的纳税义务人；
2.承包、承租经营个人是流转税纳税义务人和个人所得税纳税义务人（详见下“（三）”）。
（三）承包、承租经营活动中承包、承租人个人所得适用税目的识别与判定实务中，对企事业单位的承包、承租经营所得应根据承包、承租形式以及经营成果分配方式的差别而分别适用以下三类税目和税率：
1.适用个体工商户的生产、经营所得税目和税率的情形：
对企事业单位承包、承租经营后，工商登记改变为个体工商户的。这类承包、承租经营所得，实际上属于个体工商户的生产、经营所得，应按个体工商户的生产、经营所得项目征收个人所得税，不再征收企业所得税。
2.适用对企事业单位承包、承租经营所得或工薪所得税目和税率的情形：
个人对企事业单位承包、承租经营后，工商登记仍为企业的，不论其分配方式如何，均应先按照企业所得税的有关规定缴纳企业所得税，然后根据承包、承租经营者按合同（协议）规定取得的所得，依照个人所得税法的有关规定缴纳个人所得税。具体为：
（1）承包、承租人对企业经营成果不拥有所有权，仅按合同（协议）规定取得一定所得的，应按工资、薪金所得项目征收个人所得税。
（2）承包、承租人按合同（协议）规定只向发包方、出租人交纳一定的费用，交纳承包、承租费后的企业的经营成果归承包、承租人所有的，其取得的所得，按企事业单位承包、承租经营所得项目征收个人所得税。
（3）外商投资企业采取发包、出租经营且经营人为个人的，对经营人从外商投资企业分享的收益或取得的所得，亦按照个人对企事业单位的承包、承租经营所得征收个人所得税。
法人型联营经营特征：
1.连锁经营企业与其他投资主体共同出资设立商场（法人企业），出资各方联营共管。
2.商场与各入场商户签订《联营合作协议》，由各商户自主进货、自主销售并以商户名义索取进货发票。
3.商场统一收取营业款和以商场名义开具销售发票并以“扣点”的形式分成。
4.商场不组织进场商户的存货盘点工作。
5.会计处理上，商场将进场客户的业务视同自营销售确认为商品销售收入，将扣点后的销售“收入”确认为商品销售“成本”，故存在账列销售成本无合法票据支持的突出问题。
涉税分析：
1.从合同法及税务管理角度看，商场与各商户之间“联营合作”的法律关系不能成立，二者之间实为经营租赁合同关系。
2.商场扣点收入属租赁所得，应该申报缴纳营业税和房产税，各商户自主进货、自主销售、自负盈亏、均系独立的纳税主体，均应办理注册税务登记手续，接受某种形式（如“定期定额”征收）的税务管理。
3.商场代开销售发票，构成发票违章。
4.由于缺乏基础法律关系支持，商场存在巨大的纳税检查调整和行政处罚风险。
如欲采用“联合经营”统一核算、税后分成的业务模式则需在合同条款及事实行为上作相应的调整。
合同型联营经营特征：连锁经营企业与其他市场主体订立联营、协作合同，开展互利合作。
涉税分析：
应视联营合同具体规定作具体分析，一般来讲，合同型联营重心落在资源互补、价格同盟等市场主体之间的初级协作层面，对双方的涉税法律关系的内容调整要求不大，此略。
以上系我们对连锁经营企业主要盈利模式所涉税收法律关系的专门分析。出于样本采集的局限性，难免疏漏，欢迎指正。无庸置疑的是：从税务筹划的视角，综合运用会计方法选择、票据关系调整、合同优化等多种手段完全可以在满足基本税务管理目标——避免被动税务违章——的前提下，发现和创设节税空间，获取经常性的节税收益。 |
