虚开发票案件公安撤案，税务局怎么办？

　　【故事梗概】税务局以涉嫌虚开移送公安，公安移送检察院，检察院以事实不清、证据不足退回公安，公安以不应追究刑事责任撤销案件。企业向上级税务局申请复议，上级税务局不受理，企业起诉，税务局让步，企业撤案。

　　【来源】南京创新机电管带有限公司与南京市江宁区国家税务局二审行政裁定书（2017）苏01行终24号

　　【基本情况】：

　　2010年5月10日，江宁区国税局同时向创新机电公司作出了江国税处[2010]31号《税务处理决定书》（以下简称31号处理决定书）和江国税罚[2010]24号《税务行政处罚决定书》（以下简称24号处罚决定书），分别要求创新机电公司补缴增值税1237522.89元和缴纳罚款1237522.89元，并告知了复议、诉讼等相关权利义务及期限。

　　2010年8月20日，南京市公安局江宁分局以创新机电公司、陈金宝等涉嫌虚开增值税专用发票为由向南京市江宁区人民检察院移送审查起诉。

　　2010年12月22日，南京市江宁区人民检察院认为事实不清、证据不足，将案件退回南京市公安局江宁区分局。

　　2011年5月24日，南京市公安局江宁区分局撤销陈金宝涉嫌虚开增值税专用发票案，认为不应追究刑事责任。

　　2013年6月18日，创新机电公司向南京市国家税务局（以下简称市国税局）提起行政复议申请，要求撤销31号处理决定书和24号处罚决定书，市国税局以超过复议期限为由决定不予受理。

　　创新机电公司不服，向南京市秦淮区人民法院提起行政诉讼，要求撤销市国税局作出的不予受理行政复议决定。为解决案外纠纷，经协调，江宁区国税局同意退还创新机电已缴纳的相关滞纳金，创新机电公司对涉案处理决定和处罚决定及缴纳的税款不再主张，双方达成一致意见并履行，创新机电公司于2013年10月17日向南京市秦淮区人民法院申请撤回对市国税局的起诉获准许。

　　【思考】

　　这个案子可参详之处甚多。

　　首先，市国税局以超过复议期限为由决定不予受理是否合理？根据《中华人民共和国行政复议法》第九条之规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过六十日的除外。

　　因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。

　　企业在被公安侦查起诉阶段，是否应属于该条第二款所称正当理由？

　　其次，这个案子最终以税务局退还滞纳金，企业不再主张撤销具体行政行为为结束。也就是说税务机关对该企业行为的定性和处理决定没有改变，这会不会影响企业的其他权益？（比如信用等级评定，后来企业因信用等级评定问题认为税务局改变和解内容，再次起诉税务局，重新提出了撤销处理处罚决定的诉求）

　　最后，退还滞纳金的理由是什么？补税、罚款的决定都不变，为什么退回滞纳金呢？从“创新机电公司对涉案处理决定和处罚决定及缴纳的税款不再主张”，企业缴纳了税款及滞纳金，可能并没有缴纳罚款，那罚款还交不交呢？