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一、基本案情
（一）甲公司与乙公司合资设立外商投资企业丙公司
甲公司经营范围为销售化工产品（除危险品）、医药中间体；医药新技术开发咨询转让。2003年，甲公司、乙公司投资设立丙公司，甲公司出资1000万元人民币，乙公司出资125万美元，折合人民币1040.82万，同时乙公司还负责承担并保证丙公司搬迁和新厂建设费用1.4亿元。增资后丙公司的注册资本为2040.82万元人民币，甲公司和乙公司分别持有丙公司49%和51%的股权。
（二）2010年至2012年，丙公司以资本公积转增注册资本合计10230万元
由于乙公司无法直接承担丙公司搬迁和新厂建设费用1.4亿元，甲公司和乙公司于2008年重新达成合意，2008年至2010年，乙公司取得的分红扣除税收后，计入丙公司资本溢价形成的资本公积的金额合计117,021,305.90元。
2009年12月，丙公司进行企业分立，丙公司注册资本减少428万元。其中，甲公司减少对丙公司的投资成本2,101,200元。
2010年，丙公司董事会作出决议，将形成的资本公积-资本溢价3000万元人民币转增注册资本；2012年，再次作出董事会决议将资本公积-资本溢价70,848,824.37元、资本公积-拨款转入480,000.00元以及资本公积-其他资本公积971,375.63元，共计7230万元转增注册资本。转增后丙公司注册资本变更为11842万元（原注册资本2040.82万元-2009年分立减少注册资本428万元+资本公积转增注册资本10230万元），甲公司和乙公司的持股比例保持49%和51%不变。
（三）丁公司收购丙公司股权一揽子交易
2012年，丁公司欲收购丙公司的股权，但受丁公司的主体资格限制等各种因素，丁公司无法进行直接收购，而是采取实施以下一揽子交易：
1.丁公司委托甲公司先行收购丙公司部分股权
2012年8月，甲公司与乙公司签订《股权转让协议》，将乙公司持有的丙公司21%股权以转让价折合人民币53,613,252元转让给甲公司。
2.丁公司自甲公司处收购丙公司股权
2014年12月，甲公司与丁公司达成《股权转让协议》，甲公司将其持有的70%的丙公司的股权中的35%（含甲公司从乙公司处收购的丙公司21%股权），以转让价人民币394,000,000元转让给丁公司。
（四）某市国家税务局稽查局对甲公司进行税务稽查
某市国家税务局稽查局对甲公司2010年1月1日至2015年12月31日的纳税情况进行检查，发现甲公司就其2014年12月向丁公司转让丙公司35%的股权（以下简称“涉案股权转让事项”）确认的长期股权投资成本为55,819,526元，确认投资收益338,180,474元。某国税局稽查局认为甲公司上述行为违反《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第五十六条关于企业资产计税基础的规定，以及《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）第四条第二款“被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础”，认定甲公司多计长期股权投资成本，少计2014年转让收益25,063,500元，构成偷税。某市国家税务局稽查局作出《税务处理决定书》和《税务处罚决定书》，要求甲公司补缴企业所得税、滞纳金，并处以少缴税款0.5倍的罚款。
二、华税观点
（一）税务机关认定涉案股权转让事项甲公司少计投资收益，属于认定事实不清
根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条的规定：“企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。”涉案股权转让事项中甲公司转让持有的丙公司35%股权给丁公司，按照上述规定，应计入投资收益的转让股权所得=转让股权收入-取得该股权发生的成本。
1.涉案股权转让事项中的转让股权收入
按照2014年甲公司与丁公司达成的《股权转让协议》，甲公司将其持有的70%的丙公司的股权中的35%，以转让价人民币394,000,000元转让给丁公司。因此涉案股权转让事项的转让股权收入为394,000,000元。
2.涉案股权转让事项中取得该股权发生的成本
根据《企业所得税法实施条例》第五十六条的规定：“企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。”股权符合投资资产的定义，属于企业对外进行权益性投资形成的资产。按照《企业所得税法实施条例》第七十一条的规定，投资资产按照以下方法确定成本：通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。
本案中，由于涉案股权转让事项属于丁公司收购丙公司股权一揽子交易中的一个环节，2012年甲公司自乙公司处受让21%丙公司的股权是为了2014年将该部分股权转让给丁公司。根据实质课税原则，即对于某种情况不能仅根据其外观和形式确定是否应予课税，而应根据实际情况，尤其应当注意根据其经济目的和经济生活的实质，判断是否符合课税要素，以求公平、合理和有效地进行课税。涉案股权转让事项中，甲公司向丁公司转让的丙公司35%股权中包含两部分，一部分是甲公司2012年以人民币53,613,252元自乙公司处受让的丙公司21%股权；一部分是甲公司原始出资持有丙公司49%股权中的14%。因此，涉案股权转让事项中，甲公司取得丙公司35%股权发生的成本=甲公司2012年自乙公司处受让的丙公司21%股权的成本+甲公司原始出资持有丙公司49%股权中的14%股权的成本。
（1）甲公司2012年自乙公司处受让丙公司21%股权的成本
根据上述法律规定，甲公司2012年8月自乙公司处受让的丙公司21%股权的计税基础应按照取得该股权时实际发生的支出确定，甲公司是通过支付现金方式取得该部分股权的，以购买价款为成本。按照乙公司和甲公司签订的《股权转让协议》，甲公司购买丙公司21%股权的购买价款折合人民币53,613,252元，因此甲公司2012年自乙公司处受让丙公司21%股权的成本为53,613,252元。
（2）甲公司原始投资持有丙公司14%股权的成本
甲公司原始投资持有丙公司49%股权，支付现金对价为10,000,000元；2009年丙公司进行分立，丙公司注册资本减少428万元，相应的甲公司持有的丙公司49%的股权成本减少2,101,200元。根据上述法律规定，甲公司原始投资持有丙公司14%股权的计税基础=（10,000,000-2,101,200）÷49%×14%=2,256,800元。甲公司向丁公司转让的丙公司35%股权计税基础=53,613,252+2,256,800=55,870,052元。
根据上述分析，甲公司向丁公司转让其持有的35%丙公司的股权,应计入投资收益的股权转让所得=394,000,000-55,870,052=338,129,948元。而甲公司实际申报2014年企业所得税时，甲公司确认35%的长期股权投资成本为55,819,526元,确认投资收益338,180,474元。甲公司并未少计投资收益，实际上多计投资收益50,526元，多缴纳了企业所得税12,631.50元。
（二）税务机关依据国税函[2010]79号认定甲公司少计投资收益，适用法律错误
税务机关经过检查，简单地根据《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）第四条第二款“被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础”，认定甲公司不应将资本公积转增注册资本部分计入长期股权投资成本，少计投资收益，属于适用法律错误。
2010年，丙公司董事会作出决议，将形成的资本公积-资本溢价3000万元人民币转增注册资本；2012年6月，再次作出董事会决议将资本公积7230万元转增注册资本，其中包括资本公积-资本溢价70,848,824.37元、资本公积-拨款转入480,000.00元以及资本公积-其他资本公积971,375.63元，共计7230万元转增注册资本。甲公司按照持股比例49%，增加长期股权投资成本5012.7万元。
该条仅规定股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，投资方企业不得增加该项长期投资的计税基础。税务机关依据上述规定，认为丙公司2012年资本公积转增注册资本7230万元，包括其中的资本公积-拨款转入480,000.00元以及资本公积-其他资本公积971,375.63元转增注册资本部分，甲公司都不得增加长期股权投资成本。在此基础上认定甲公司多计长期股权投资成本，少计投资收益，属于适用法律错误。
小结：
实践中，存在很多委托收购的情形，如何适用“历史成本”确定股权成本，还应该遵循实质课税原则以及税法公平原则。本案中，甲公司受丁公司委托先行收购丙公司21%股权，后将其持有的35%丙公司股权转让给丁公司。按照实质课税原则，甲公司转让股权时股权成本应为收购21%丙公司股权的成本和原始投资持有14%丙公司股权的成本，其并未多计股权成本少计投资收益。 |
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